O novo sistema tem como molde o Sistema de Seleção Unificada (SiSU), das universidades federais, e o Programa Universidade para Todos (ProUni). A seleção dará prioridade a vagas em cursos que tenham classificação 5 no Sistema de Avaliação do Ensino Superior, seguidos de cursos com nota 4, e só então os com nota 3, caso sobrem vagas.
Também haverá a exigência de nota mínima 450 no Enem para os futuros candidatos ao Fies. O governo mudou as regras do Fies com o objetivo de controlar o gasto com o programa, que aumentou 14 vezes em quatro anos.
As diferenças regionais também serão adotadas como critério. Haverá um número de vagas por Estado privilegiando as melhores escolas e cursos locais, para que não haja uma concentração excessiva em Estados do Sudeste, que costumam ter maior número de cursos bem qualificados.